Związek wielolekowej oporności w epilepsji z polimorfizmem w genie transportera leków ABCB1 cd

W 50 .l reakcji zastosowano 50 do 100 ng genomowego DNA z 40 pmol każdego startera, 2,5 mM trifosforanu deoksynukleozydu, polimerazą DNA Promega Taq (0,2 U) i 5 .l bufora polimerazy Taq DNA (zawierającego 1,2 mM chlorek magnezu). Próbki amplifikowano w następujących cyklach: początkowa denaturacja 4 minut w 95 ° C, następnie minuta denaturacji (95 ° C), minuta w temperaturze hybrydyzacji i minuta rozciągania (72 ° C), powtórzono dla 35 cyklach, a następnie kolejny 10-minutowy okres przedłużenia (72 ° C). Produkty PCR przepuszczano na żelu agarozowym bromkiem etydium i analizowano w świetle ultrafioletowym. Dwa markery Alu wykazały znaczne odchylenie od spodziewanego rozkładu populacji (równowaga Hardy ego-Weinberga), z powodu błędów genotypowania. Wyniki z tych markerów nie zostały zatem uwzględnione w analizie: ich włączenie nie zmieniło jednak ogólnych wyników. Obliczanie równowagi dylematowej
Resekwencjonowano 32 triole Centre d Etude du Polymorphisme Humain (matka, ojciec i dziecko) w celu uzyskania genotypu polimorfizmu pojedynczego nukleotydu w intronie 2 (tożsamość polimorfizmu pojedynczego nukleotydu rs2888599, dostępna pod adresem http: //www.ncbi.nlm .nih.gov / SNP /), ekson 12 (C1236T i C + 44T), 12,15 eksonów 21 (G2677A), 16 i eksonów 26 (C3435T) .12 Warunki PCR były następujące: 15 minut początkowej denaturacji w 95 ° C, następnie 35 cykli denaturacji (94 ° C), wyżarzanie (57 ° C) i wydłużanie (72 ° C), każde przez 30 sekund i końcowy 10-minutowy okres wydłużania (72 ° C). Przeprowadzono PCR z 50 ng DNA, 2,5 mM chlorku magnezu, 0,2 mM każdego trójfosforanu deoksynukleozydu, 0,5 uM każdego startera i 0,25 U polimerazy HotStarTaq (Qiagen), w całkowitej objętości 10 ul. Produkty PCR sekwencjonowano w kierunku do przodu zestawem do sekwencjonowania cyklicznego Big Dye Terminator, oczyszczono za pomocą standardowego strącania izopropanolem i analizowano za pomocą zautomatyzowanego sekwenatora ABI Prism (model 3700, Applied Biosystems).
Analiza statystyczna
Częstości alleli porównywano między populacjami przy użyciu testu chi-kwadrat. Obserwowane i oczekiwane częstości alleli w populacjach zostały porównane za pomocą testu Hardy ego-Weinberga. Korekta stratyfikacji genetycznej została przeprowadzona za pomocą metody Reicha i Goldsteina.17 Wszystkie podane wartości P są dwustronne; przyjęto, że wartość P mniejsza niż 0,05 wskazuje na istotność statystyczną.
Wyniki
Tabela 1. Tabela 1. Podsumowanie danych dotyczących genotypu i fenotypu. W porównaniu do 115 pacjentów z padaczką reagującą na leki, 200 pacjentów z padaczką lekooporną częściej miało genotyp CC niż TT (iloraz szans, 2,66, przedział ufności 95%, 1,32 do 5,38, P = 0,006) (Tabela 1). Częstotliwość genotypu CT nie różniła się istotnie pomiędzy dwiema grupami. Zatem polimorfizm C był nadreprezentowany wśród pacjentów z padaczką lekooporną w porównaniu z tymi z padaczką reagującą na lek (p = 0,008). W porównaniu z 200 osobami kontrolnymi bez epilepsji pacjenci z padaczką lekooporną mieli większą częstość genotypu CC i niższą częstotliwość genotypu TT (P = 0,05). Częstotliwości w grupie reagującej na lek nie różniły się istotnie od częstości u osób kontrolnych o podłożu etnicznym lub opublikowanych raportów.15 Nie zaobserwowano znaczących odchyleń od równowagi Hardy ego-Weinberga w żadnej z grup pacjentów (P = 0,39 dla grupy lekoopornej i P = 0,26 dla grupy reagującej na lek).
Nieoczekiwane różnice w pochodzeniu genetycznym między grupami badawczymi – lub rozwarstwienie populacji – mogą skutkować fałszywymi skojarzeniami
[przypisy: szpital bródnowski rejestracja, granat indeks glikemiczny, usg łódź prywatnie ]
[podobne: czterochlorek węgla, ból kości łonowej w ciąży, spuchnięta warga sromowa ]